In de oostelijke muur van de Leopoldsgruft zijn in het jaar 1960 twaalf nissen gebouwd, in deze nissen werden twaalf sarcofagen van kinderen bijgezet die voordien in de Gründergruft of Engelsgruft lagen. Er staan nu geen namen meer op de nissen maar in deze crypte liggen de volgende kinderen begraven.
Vier kinderen van keizer Ferdinand III liggen hier:
- Filip August, aartshertog van Oostenrijk, Zoon van Ferdinand III en Maria Anna van Spanje, *15 juli 1637 – †22 juli 1639, 2 jaar oud
- Maximiliaan Thomas, aartshertog van Oostenrijk, Zoon van Ferdinand III en Maria Anna van Spanje, *21 december 1638 – †29 juni 1639, 6 maanden oud
- Theresia Maria Jozef, aartshertogin van Oostenrijk, Dochter van Ferdinand III en Eleonora Gonzaga, *27 maart 1652 – †26 juli 1653, 1 jaar oud
- Ferdinand Jozef Aloïs, aartshertog van Oostenrijk, Zoon van Ferdinand III en Eleonora Gonzaga, zijn lichaam ligt hier, zijn ingewanden zitten in urn 22 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen, *11 februari 1657 – †16 juni 1658, 1 jaar oud
Zeven kinderen van keizer Leopold I liggen hier:
- Ferdinand Wenzel, aartshertog van Oostenrijk, Zoon van Leopold I en Margaretha Theresia van Spanje, Zijn ingewanden zijn begraven in urn 25 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen, *28 september 1667 – †13 januari 1668, 4 maanden oud
- Johan Leopold, aartshertog van Oostenrijk, Zoon van Leopold I en Margaretha Theresia van Spanje, Zijn ingewanden zijn begraven in urn 27 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen, stilgeboren *†20 februari 1670
- Maria Anna, aartshertogin van Oostenrijk, Dochter van Leopold I en Margaretha Theresia van Spanje, Haar ingewanden zijn begraven in urn 28 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen, *9 februari 1672 – †25 februari 1672, 16 dagen oud
- Anna Maria Sophia, aartshertogin van Oostenrijk, Dochter van Leopold I en Claudia van Oostenrijk, Haar ingewanden zijn begraven in urn 30 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen, *11 september 1674 – †21 december 1674, 3 maanden oud
- Marie Jozef Clémentine, aartshertogin van Oostenrijk, Dochter van Leopold I en Claudia van Oostenrijk, Haar ingewanden zijn begraven in urn 32 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen en haar hart staat in een gouden en zilveren urn op het graf van haar moeder in de Dominicanenkerk in Wenen, *11 oktober 1675 – †11 juli 1676, 9 maanden oud
- Christina, aartshertogin van Oostenrijk, Dochter van Leopold I en Eleonora van Palts-Neuburg, stilgeboren *†18 juni 1679
- Maria Margaretha, aartshertogin van Oostenrijk, Dochter van Leopold I en Eleonora van Palts-Neuburg, Haar ingewanden is begraven in urn 34 en haar hart in urn 35 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen, *22 juli 1690 – †22 april 1691, 1 jaar oud
Eén kleinzoon van keizer Ferdinand III
- Stilgeboren jongen, naam onbekend, zoon van keurvorst Johan Willem van de Palts en Maria Anna Jozefa van Oostenrijk, Stilgeboren *†5 februari 1686
