Twee jaar na het hertrouwen van haar moeder trouwde aartshertogin Elisabeth Marie (die ooit werd beschouwd als een potentiële bruid voor verschillende prinsen in Europa, onder wie haar neef prins Albert, vermoedelijke troonopvolger van België, en de Duitse kroonprins ) op 23 januari 1902 Prins Otto Weriand van Windisch-Graetz, een Oostenrijkse prins en officier, ondanks de bezwaren van haar grootvader, keizer Franz Joseph I, die later zijn toestemming gaf, maar de vakbond nog steeds als een mésalliance beschouwde. Een paar maanden later, in september, hoorde Stefanie tijdens haar verblijf in Londen van het overlijden van haar moeder, koningin Marie Henriette. Onmiddellijk vertrok ze naar Spaom om een laatste eerbetoon te brengen aan haar moeder. Koning Leopold II was echter nog zo woedend over het ongelijke huwelijk van zijn dochter dat hij Stefanie verbood de uitvaartdienst bij te wonen, en een paar dagen later werd ze gedwongen terug te keren naar Londen.
Op 17 december 1909 overleed haar vader, koning Leopold II. Stefanie was twee dagen eerder een laatste ontmoeting met de vorst geweigerd. Haar zus Louise keerde ook terug naar België, en ook de stervende vorst weigerde haar te zien. Stefanie en haar zussen ontdekten dat hun vader als belangrijkste begunstigde van zijn testament zijn belangrijkste minnares, de Franse prostituee Caroline Lacroix, evenals de Royal Trust had verlaten. Hij verborg ook opzettelijk eigendommen die in zijn nalatenschap waren opgenomen in lege vennootschappen in Duitsland en Frankrijk, niet alleen om zijn dochters ervan te beroven, maar ook om zijn stedenbouwkundige projecten door te laten gaan. De Belgische staat bood de drie prinsessen een financiële transactie aan, die elk een bedrag van twee miljoen frank zouden ontvangen. Terwijl Stefanie en Clémentine het voorstel aanvaardden, weigerde Louise het en startte in december 1910 een eerste proces tegen de Belgische staat en haar twee zussen. In april 1911 spande Louise een tweede rechtszaak aan tegen de Franse bedrijven die door Leopold II waren opgericht. In 1912 werden Louise en Stefanie, die nu haar bondgenoot waren geworden, verdedigd door Henri Jaspar en Paul-Émile Janson , en Louise zette haar juridische acties voort. De twee prinsessen weigerden een nieuw minnelijk akkoord met de Staat, voordat hun vordering door het Hof van Beroep werd afgewezen in april 1913. Op 22 januari 1914 werd echter een overeenkomst gesloten tussen Louise, de Belgische Staat en enkele van haar schuldeisers: zij ontving, net als haar twee zussen, iets meer dan vijf miljoen frank uit het fortuin van hun overleden vader.
Nadat Stefanie was hertrouwd had Stefanie bijna geen contact meer met haar dochter, aartshertogin Elisabeth Marie. Haar relatie met haar dochter werd ontsierd door het feit dat Elisabeth Marie haar moeder de schuld gaf van de “Mayerling-tragedie”.
