In het jaar 1915 studeerde Franz Karl af als 1e luitenant aan de militaire school in Hainburg an der Donau, in dit zelfde jaar werd hij door zijn grootvader, keizer Franz Joseph benoemd tot 1187e ridder in de Orde van het Gulden Vlies van Oostenrijk. Tijdens de Eerste Wereldoorlog vocht hij aan het Montenegrijnse front, in Rusland en in Roemenië. Na de bezetting van Servië nam hij in 1916 met zijn eenheid deel aan de wederopbouw van de Donaubrug in Belgrado. Hij wordt gepromoveerd tot kapitein van de sapper. Hij was getuige van het einde van de oorlog en de ineenstorting van de Oostenrijks-Hongaarse monarchie.