Eduard von Taaffe, minister-president van Cisleithania, gaf ’s middags namens de keizer een verklaring af dat Rudolf was overleden
“Als gevolg van een ruptuur van een aneurysma van het hart”.
De keizerlijke familie en het keizerlijke hof waren nog steeds in de veronderstelling dat hij vergiftigd was. Het lijkt erop dat zelfs Mary’s moeder, Helene von Vetsera, dit aanvankelijk geloofde.
De medische commissie van het keizerlijk hof, onder leiding van dr. Widerhofer, arriveerde die middag in Mayerling en stelde een nauwkeurigere doodsoorzaak vast. Widerhofer bracht de volgende ochtend om 6 uur zijn rapport uit aan de keizer. Het staatsblad van Wenen meldde die dag nog steeds het oorspronkelijke verhaal:
“Zijne Koninklijke en Keizerlijke Hoogheid, kroonprins aartshertog Rudolf, stierf gisteren in zijn jachtslot van Mayerling, nabij Baden, aan de scheuring van een aneurysma van het hart . “
Ze probeerden te verklaren dat Mary was overleden op weg naar Venetië, terwijl haar ooms haar lichaam ondersteunden met een bezemsteel om de dubbele zelfmoord te verdoezelen toen ze de lodge verlieten. Mary werd snel begraven met andere zelfmoorden, en het keizerlijk hof weigerde Mary’s moeder het graf van haar dochter meer dan twee maanden na de begrafenis te laten zien.
Buitenlandse correspondenten kwamen naar Mayerling en kwamen er al snel achter dat Rudolfs minnares betrokken was bij zijn dood. Deze eerste officiële versie van een hartaanval werd snel geschrapt. In dat stadium werd de versie “hartfalen” gewijzigd. Er werd aangekondigd dat de kroonprins eerst de barones had neergeschoten in een zelfmoordpact en enkele uren bij haar lichaam had gezeten voordat hij zichzelf neerschoot. Het was bekend dat Rudolf en de keizer onlangs een gewelddadige ruzie hadden gehad, waarbij Franz Joseph eiste dat zijn zoon de relatie met zijn tienerminnares zou beëindigen. Hun dood was het tragische resultaat van de wanhopige beslissing van gedwarsboomde minnaars die werden genomen “terwijl het evenwicht in de geest van de aartshertog verstoord was”. De politie sloot hun onderzoek met verrassende haast af, kennelijk als antwoord op de wensen van de keizer.
Franz Joseph deed er alles aan om de zegen van de kerk te krijgen voor de begrafenis van Rudolf in de keizerlijke crypte. Dit zou onmogelijk zijn geweest als de kroonprins opzettelijk moord en zelfmoord had gepleegd. Het Vaticaan vaardigde een speciale dispensatie uit waarin werd verklaard dat Rudolf in een staat van “mentale onevenwichtigheid” verkeerde en dat hij nu samen met 137 andere Habsburgers in de Kerk van de Kapucijnen in Wenen ligt. Rudolf had echter in zijn afscheidsbrief aan zijn moeder verzocht hem naast Mary von Vetsera in Alland te begraven. Elisabeth werd hierdoor achtervolgd en bezocht de kapucijnencrypte, in de hoop dat Rudolfs geest haar zou bezoeken en zijn wensen zou meedelen. Het dossier over de onderzoeken en de daarmee verband houdende acties werd niet in het rijksarchief gedeponeerd, zoals gewoonlijk het geval zou zijn geweest.
Het verhaal dat Rudolf gewelddadige ruzie had gehad met de keizer over zijn relatie met Freiin von Vetsera, is mogelijk verspreid door agenten van de Duitse bondskanselier Otto von Bismarck, die weinig liefde had voor de politiek liberale Rudolf. Het werd zeker betwijfeld door veel van Rudolfs naaste familieleden, die de kanselier persoonlijk kenden.
Keizerin Victoria van Duitsland schreef:
Gisteren kwam Prins Bismarck. Het was een bittere pil voor mij om hem te moeten ontvangen na alles wat er is gebeurd en met alles wat er gaande is. Hij sprak veel over Rudolf en zei dat er volgens het verslag van Reuss een scène met de keizer van Oostenrijk had plaatsgevonden. Misschien had Reuss, de Duitse ambassadeur in Oostenrijk, het bij het verkeerde eind. Ik zou het zeer waarschijnlijk achten. [9 april 1889]
Vervolgens schreef ze aan haar moeder, koningin Victoria :
… Ik heb verschillende dingen over de arme Rudolf gehoord die u misschien interesseren. Prins Bismarck vertelde me dat de gewelddadige taferelen en woordenwisselingen tussen de keizer en Rudolf de oorzaak waren van Rudolfs zelfmoord. Ik antwoordde dat ik zoveel twijfel had gehoord, waarop hij zei dat Reuss het had geschreven en het was zo! Hij zou me het bericht sturen om te lezen als ik dat leuk vond, maar ik heb geweigerd. Ik zei niet wat ik dacht, namelijk dat ik dertig jaar lang heb ervaren hoeveel leugens de diplomatieke agenten van prins Bismarck (op enkele uitzonderingen na) hem hebben geschreven, en daarom geloof ik meestal niet volledig wat ze schrijven, tenzij ik ze ken om eerlijke en betrouwbare mannen te zijn. Szechenyi, de ambassadeur in Berlijn, die we heel goed kennen, vertelt me dat er geen scènes waren geweest met de keizer, die tegen Szechenyi zei: ‘Dit is de eerste ergernis die mijn zoon mij heeft bezorgd.’ Ik geef je het nieuws voor wat het waard is. Generaal Loe hoorde uit Oostenrijkse bronnen dat de ramp niet met voorbedachten rade was gepland voor die dag! maar dat de jongedame zichzelf had vernietigd en toen hij dat zag, dacht Rudolf dat er niets meer voor hem over was, en dat hij zelfmoord had gepleegd met een Förster Gewehr [jachtgeweer] waarmee hij op de grond stond en vervolgens op de trekker trapte. Loe beschouwt, net als ik, de dood van de arme Rudolf als een vreselijk ongeluk. De kanselier, denk ik, betreurt het niet en mocht hem niet! [20 april 1889]
Er zijn ook beschuldigingen geuit van een dubbele moord, vermomd als moord-zelfmoord. In een reeks interviews met de Weense tabloidkrant Kronen Zeitung sprak keizerin Zita, die pas drie jaar na het incident werd geboren, haar overtuiging uit dat de dood van kroonprins Rudolf van Oostenrijk en zijn minnares geen dubbele zelfmoord was, maar eerder een moord door Franse agenten gestuurd door Georges Clemenceau.