op 2 november 1893 trouwde Elisabeth in het geheim in Genua, Italië, met Otto Ludwig Philipp von Seefried auf Buttenheim, Freiherr zu Hagenbach. Elisabeth en Otto waren weggelopen en in het geheim getrouwd, omdat ze wisten dat ze nooit officieel zouden mogen trouwen. Niet alleen was Otto van veel lagere rang dan Elisabeth, hij was ook protestant. In een brief waarin hij het huwelijk aan zijn nieuwe schoonouders aankondigde, verklaarde Otto dat hij en Elisabeth zo vastbesloten waren om niet uit elkaar te gaan dat ze zich gedwongen voelden te kiezen tussen schaking en wederzijdse zelfmoord.
De vader van Elisabeth, en vooral haar grootvader van vaderskant, Luitpold, prins-regent van Beieren, waren verbolgen toen zij voor dit voldongen feit werden gesteld. Het duurde jaren voordat Elisabeths relatie met haar vader herstelde; hun verzoening was vooral te danken aan de inspanningen van haar moeder, Gisela, en grootvader van moeders kant, keizer Franz Joseph. haar moeder Gisela en haar grootvader van moederskant gaven het paar hun zegen nadat het huwelijk was aangekondigd, en Franz Joseph schonk hen een paleis in de buurt van Wenen. Hij benoemde Otto ook tot luitenant van het 1e Regiment Infanterie in Troppau en verhief hem in 1904 tot de rang van graaf .,Franz Joseph had zijn vrouw, keizerin Elisabeth geschreven dat hoewel hij niet blij was met het huwelijk, hij vond dat Elisabeth moed en een sterk karakter had getoond.
Het huwelijk bleek erg gelukkig te zijn en het paar kreeg vijf kinderen; de eerste, Gisela, stierf als baby. In 1908 erfde graaf Seefried auf Buttenheim kasteel Buttenheim in Gresten, Neder-Oostenrijk, dat tot op de dag van vandaag de familiezetel is gebleven.
