In februari 1938, terwijl Stéfanie bij haar in Zuid-Frankrijk verbleef, werd Clémentine onderworpen aan bronchitis met algemene intoxicatie die werd gecompliceerd door infectieuze griep en streptokokken. In oktober 1938 trouwde haar dochter Marie-Clotilde in Londen met graaf Serge de Witt, een voormalig kapitein van het keizerlijke Russische leger en twintig jaar ouder dan zij, een vakbond die Clémentine afkeurde voordat ze haar gevoelens ervoor oploste. Kort na de geboorte van haar eerste kleinkind, Marie-Eugénie, in augustus 1939, zag Clémentine, toen in Ronchinne, de Tweede Wereldoorlog met bezorgdheid. Ze was aan het herstellen sinds een nieuwe ziekte haar een paar maanden eerder, in mei 1939, bijna het leven had gekost. Na de strenge winter van 1939-1940 keerde Clémentine terug naar Frankrijk: ze werd gedwongen daar te blijven na de invasie van België in mei 1940. Haar zoon Louis sloot zich aan bij het Vreemdelingenlegioen voordat hij zich bij het verzet voegde; Clémentine was erg trots op zijn gedrag tijdens het conflict. Tijdens de oorlog bleef ze in Frankrijk: eerst in Charente, met haar vrienden, de familie Taittinger, daarna huurde ze een villa in Le Cannet, voordat ze een andere bezette in Tresserve, vlakbij Aix-les-Bains.
Na 1945 maakte de Koninklijke Vraag, die België in beroering bracht, haar bedroefd en moedigde haar aan om het grootste deel van de tijd in Frankrijk te blijven wonen. Haar zus Stéfanie, die ze sinds 1938 niet meer had gezien, stierf in 1945 in Hongarije. De laatste tien jaar van haar leven waren vredig, maar behoorlijk eenzaam. Na de oorlog ontdekte haar zoon Louis zijn land, waar generaal de Gaulle hem toestemming gaf om onofficieel te blijven voordat de ballingschap in 1950 officieel werd ingetrokken. In 1949 trouwde hij met Alix de Foresta, een lid van een adellijke familie die oorspronkelijk in Lombardije woonde uit de 13e eeuw, voordat ze zich begin 16e eeuw in de Provence vestigden. In 14 jaar (1939–1953) werd Clémentine de grootmoeder van 11 overlevende kleinkinderen, die ze van tijd tot tijd zag. In 1952 ontving ze ter gelegenheid van haar 80ste verjaardag het Legioen van Eer.
In oktober 1954 verliet Clémentine België om terug te keren naar de Côte d’Azur , waar ze, omdat ze het hotelleven niet op prijs stelde, de Clair-Vallon Villa in Cimiez, een woonwijk van Nice, huurde. Op dinsdagavond 8 maart 1955 overleed de 82-jarige Clementine daar aan een hartziekte. Louis kon zijn moeder in extremis zien, maar Marie-Clotilde kwam een moment te laat. Na een religieuze ceremonie wordt het lichaam van Clémentine tijdelijk gedeponeerd in het Franciscaner klooster van Cimiez. Drie maanden later werd ze, volgens haar laatste wensen, op 18 juni 1955 samen met haar man begraven in de keizerlijke kapel van Ajaccio . Beide doodskisten werden met de L’Albatros van het vasteland van Frankrijk naar Corsica vervoerd, begeleid door de Franse marine.