Vanaf juni 1902 ging de gezondheid van de koningin plotseling achteruit. Gedurende deze periode was koning Leopold II in Frankrijk, terwijl Clémentine in het Paleis van Laken bleef. De afwezigheid van haar jongste dochter was waarschijnlijk te wijten aan de onenigheid tussen Marie Henriette en Clémentine, die altijd een zekere voorkeur voor haar vader had getoond. Marie Henriette kon echter rekenen op de inzet van baron Auguste Goffinet.
Op 19 september 1902 overleed koningin Maria Henriette in haar villa in Spa. De dag na haar dood keerde Leopold II terug uit Bagnères-de-Luchon, waar hij op vakantie was met zijn laatste minnares, Blanche dit Caroline Lacroix, de “Barones van Vaughan”. Toen hij in Spa aankwam, trof de koning daar zijn dochter Clémentine aan; maar toen hij hoorde dat Stéfanie ook aanwezig was en aan het bidden was voor de stoffelijke resten van haar moeder, weigerde hij haar te ontmoeten. Stéfanie werd gedwongen Spa te verlaten en ging naar Brussel, waar ze werd geprezen door de mensen die haar steunden. Louise, de oudste van de dochters van wijlen koningin, ging niet naar België.