Op 16 december 1890 woont Boudewijn de intrede van zijn broer Albert in de Koninklijke Militaire School bij. Boudewijn kreeg keelpijn waardoor hij het bevel over zijn troepen in de kazerne een paar dagen moest opschorten. Omdat zijn gezondheid relatief kwetsbaar was, werd Boudewijn altijd onderworpen aan talrijke tonsillitis en faryngitis. December 1890 was een ijskoude maand en het vroor de hele tijd.
Op 3 januari 1891 gaf Boudewijn een presentatie in de kazerne over een nieuw type snelvuurgeweer en nieuw kruit.
Twee dagen later werd zijn jongere zus, Henriette, vanwege een besmettelijke longontsteking gedwongen naar bed te gaan.
In de nacht van 8 op 9 janurari vreesde men voor haar leven, Henriette kreeg de laatste sacramenten toegediend, maar ze overleefde maar haar toestand was kwetsbaar.
Op 14 januari ging Boudewijn even naar buiten en werd opnieuw verkouden. Hij gaat meerdere keren per dag naar het bed van Henriette en doorkruist de ijskoude gangen van het paleis.
Op 17 januari belde hij koortsachtig zijn arts, die een catarrale aandoening diagnosticeerde. Zijn toestand gaat snel achteruit. De graaf van Vlaanderen houdt de koning dagelijks op de hoogte. Op 22 januari 1891 ging de aanvankelijke pneumologische pathologie gepaard met een complicatie van acute nefritis met nierbloeding, deze werd verergerd door endocarditis.
Op 23 januari 1891 overleed Boudewijn om 01;45 uur, hij werd omringd door zijn dierbaren. Vanaf het ochtendgloren gaat het rampzalige gerucht door de straten van Brussel. Om zeven uur ’s ochtends zendt de telegraaf dit bericht door het hele land uit:
“ZKH Monseigneur Prins Boudewijn is gisteravond om één uur vijfenveertig minuten overleden”