Marie en Frans gingen in ballingschap. Marie en haar echtgenoot woonde een deel van het jaar in Engeland, in het graafschap Northamptonshire. In 1878 hielp ze bij de voorbereidingen van een bezoek dat haar zus Elisabeth aan Engeland bracht, om er te kunnen jagen. Ze huurde er het landgoed Easton Neston en betrok via John Spencer, 5e Graaf Spencer een gids. Deze gids, kapitein Bay Middleton, zou de inzet worden van een conflict tussen Marie en haar zuster. Marie vermoedde, overigens evenals Elisabeths zoon Rudolf, dat Elisabeth een affaire had met Middleton. De ex-koningin der Beide Siciliën was zelf ook bijzonder geïnteresseerd in de charmes van Bay. Dit alles leidde tot een ruzie tussen beide zusters, die nooit meer zou worden bijgelegd. Op 27 december 1894 overleed plotseling haar man, ex-koning Frans II. Het was een moeilijke periode voor Marie Sophie. Haar vader, hertog Maximiliaan Jozef, was overleden in 1888, haar zus Helene was gestorven in 1890, haar moeder, hertogin Ludovika, in 1892.
op 19 januari 1925 overleed Marie