Frans’ opleiding werd erg verwaarloosd en hij groeide uit tot een man met een zwak karakter, sterk beïnvloed door zijn stiefmoeder Theresia van Oostenrijk, de priesters en zijn reactionaire hovelingen. Hij kwam na de dood van zijn vader op 22 mei 1859 op de troon en benoemde Carlo Filangieri tot premier. Die realiseerde zich het belang van de Frans-Piëmontese overwinningen in Lombardije en adviseerde de koning de door Camillo Benso di Cavour voorgestelde alliantie met Piëmont-Sardinië te aanvaarden. Op 7 juni sloeg een deel van de Zwitserse Garde aan het muiten en terwijl de koning beloofde zich met hun grieven bezig te houden verzamelde de generaal Vito Nunziante andere troepen en liet ze neerschieten. Dit resulteerde in het opheffen van de gehele Zwitserse Garde, het sterkste bolwerk van de dynastie.
Cavour probeerde opnieuw een alliantie te bewerkstelligen die de Kerkelijke Staat tussen Piëmont en het koninkrijk Napels zou verdelen, met uitzondering van de provincie Rome. Frans wees het idee, dat hem heiligschennis leek, echter af. Filangieri trachtte ook een grondwet op te stellen, maar toen de koning dit weigerde trad hij af. Ondertussen waren revolutionaire partijen bezig met een samenzwering om de Bourbons in Calabrië en Sicilië af te zetten en maakte Giuseppe Garibaldi zich op voor een aanval in het zuiden. Een samenzwering op Sicilië werd ontdekt en de samenzweerders werden zeer streng gestraft. In mei 1860 wist Garibaldi het eiland echter zeer gemakkelijk te veroveren.