Op 26 juni 1867, iets meer dan een maand na de geboorte van zijn jongste zoon, overleed Maximilian Anton op 35-jarige leeftijd aan verlamming van de longen, hij werd begraven in de cryptekapel van kasteel Sankt Emmeram. Door zijn vroege dood werd zijn negenjarige zoon Maximilian Maria in 1871 erfgenaam, waarmee hij een generatie oversloeg. Zijn weduwe Helene nam tot 1883 de voogdij over haar zoon over en bleef in het erfelijke prinsenpaleis wonen. Na het overlijden van haar schoonvader Maximiliaan Karl trokken ook zijn weduwe en tweede echtgenote Mathilde Sophie in het statige pand.
Koning Ludwig II schreef in een persoonlijke condoleancebrief aan prins Maximiliaan Karl:
“Ik voel met uw dierbaren de diepe en rechtvaardige pijn die zij en de hele Taxis-familie voelen, en ik waardeer heel goed wat een schat aan hoop is gedoofd met het dierbare leven van de overledene.”