Op 30 november 1909 overleed Karl Theodoor aan de pleuritis. Op werd begraven in de familiecrypte in kasteel Tegernsee. Zijn weduwe veranderde de kliniek in een stichting in 1917, en Heinrich Zenker, assistent van hertog Carl Theodor, werd de medisch directeur. Zijn zoon Ludwig Wilhelm in Beieren volgde hem op als hoofd van het Huis van de Hertogen in Beieren.