Vanaf 1884 kon de koning het kasteel bewonen al bracht hij er in totaal slechts 186 dagen door tot zijn dood. Het gebouw leek tijdens zijn verblijf bovendien nog altijd meer op een grote bouwwerf dan op een kasteel.
Het slot had vooral een verblijfsfunctie. Ondanks zijn grootte was het niet geschikt voor bestuursfuncties: buiten de privévertrekken van de koning en kamers voor het personeel was er geen geschikte plaats voor een hofhouding. Aan het verblijf van de koning was dan weer wel ontzettend veel aandacht geschonken. Zo was er een voor Lodewijk voorziene bewoonbare schouwburg, ter ere van het leven en het werk van Richard Wagner. Die heeft het kasteel echter nooit bezocht. De bouw van een kemenade was bijvoorbeeld een directe verwijzing naar het tweede bedrijf van Lohengrin waar een van de taferelen zich in een dergelijke plaats afspeelt, maar had verder geen praktisch nut.
In 1885 ontving Lodewijk II zijn moeder, de voormalige koningin Marie, in het slot ter gelegenheid van haar zestigste verjaardag.
Ludwig financierde zijn bouwprojecten uit eigen middelen en putte niet uit de staatskas. De bouwkosten voor het kasteel waren bij de dood van de koning opgelopen tot 6.180.047 goudmark, waar oorspronkelijk op 3,2 miljoen goudmark was gerekend. Om de kosten te dekken ging Ludwig meer en meer kredieten opnemen en in 1883 had hij al een schuld van zeven miljoen goudmark opgebouwd. In 1885 dreigden zijn schuldeisers met inbeslagname van zijn privégoederen.
De schuldproblemen van Ludwig II verschaften de Beierse regering in 1886, naast de zogezegde krankzinnigheid van Ludwig, de kans om de koning af te zetten. Op dat moment bevond Ludwig zich in Neuschwanstein, het was het laatste van de kastelen die hij had laten bouwen dat hij bewoonde. De regeringscommissie die op 10 juni 1886 naar Neuschwanstein was gekomen om de koning af te zetten, liet Ludwig opsluiten in het poortgebouw. Nadat de commissieleden waren vrijgelaten en terug naar München waren gereisd, kwam er op 11 juni een tweede commissie onder de leiding van Bernhard von Gudden die als belangrijk en gerespecteerd medicus jarenlang psychiater was van de koninklijke familie van Beieren. De koning moest het kasteel in de nacht van 11 op 12 juni verlaten. Op 13 juni werden de koning en Von Gudden na een wandeling dood aangetroffen in het meer van Starnberg.