Na de dood van haar man Kroonprins Rudolf had Stefanie maar één wens: Wenen en de zware sfeer van het hof verlaten. Ze wilde naar haar ouders in Brussel gaan, maar Leopold II noch Franz Joseph I stonden Stefanie, die kroonprinses-weduwe was geworden, niet toe Oostenrijk te verlaten. Als voogd van zijn 5-jarige kleindochter Elisabeth Marie eiste de keizer dat Stefanie bij haar kind zou blijven. Stefanie moest gehoorzamen en kreeg toestemming om vier maanden in Miramare Castle, nabij Triëst, te verblijven. Aan het begin van haar weduwschap leidde Stefanie een nogal teruggetrokken leven. Door de jaren heen kwamen de scheidingen van haar dochter steeds vaker voor, dus een bevredigende relatie met haar dochter duurde niet lang.
Gedurende deze tijd zette Stefanie haar romantische relatie met graaf Potocki voort, die ze de bijnaam “Hamlet” had gegeven. Weduwnaar sinds 1881, was kamerheer aan het hof van Wenen en levenslang lid van het House of Lords in het Oostenrijkse parlement. Alleen haar zus Louise werd op de hoogte gebracht van de affaire. Artur Potocki bleef dicht bij Stefanie tijdens de donkere dagen na de dood van Rudolf. De gezondheid van de graaf, die nog geen 40 was, was echter zo slecht dat hij na een operatie niet meer kon praten vanwege larynxkanker. In maart 1890 stierf Potocki en Stefanie ging opnieuw in diepe rouw.
Aan het hof van Wenen kreeg Stefanie te maken met de koelheid van keizerin Elisabeth, die haar vermeed, en de even afstandelijke houding van keizer Franz Joseph I. Hoewel ze haar titel van kroonprinses behield, behield ze haar functies niet en was ze niet langer bevoegd om de keizerin te vertegenwoordigen. Haar rol was beperkt en ze kon niet meer rekenen op de steun van veel vrienden. Ze reisde veel en wijdde zich aan schilderen. Haar aquarellen geschilderd in Lacroma werden in 1892 als album gepubliceerd. In Oostenrijk wijdde Stefanie zich aan zingen of ging ze naar het theater en concerten tijdens haar verblijf in haar woningen in Laxenburg en aan de Hofburg.
Tot 1898 ondernam Stefanie elk jaar lange reizen: Corfu, Malta, Tunis en Sicilië in 1892; de Noordse landen het volgende jaar; Noord-Afrika, de Balearen en Corsica in 1894; Griekenland en Palestina in 1895; en Rusland in 1897. In maart 1898 dwong een ziekte haar het reizen op te geven – ze leed aan longontsteking en pleuritis, waardoor ze enige tijd bedlegerig moest blijven. Dit gaf aanleiding tot angst voor haar leven voordat ze plotseling herstelde. Op 10 september 1898 werd keizerin Elisabeth vermoord in Genève; ook al had ze geen goede band met haar schoonmoeder, Stefanie was erg aangeslagen door dit onverwachte overlijden.