Als prominent lid van het Hofburg Theater werd de actrice uitgenodigd op alle grote festivals van Wenen, waaronder het “Ball of Industrialists” in 1885, waar ze voor het eerst een langdurig gesprek had met keizer Franz Joseph I. Na een theatervoorstelling in het Moravische kasteel Kremsier voor de Russische tsaar Alexander III. de aanwezige kunstenaars werden uitgenodigd voor het avondeten met de vorsten. Daar ontmoette Katharina Schratt keizerin Elisabeth voor het eerst, die voortaan het contact tussen de actrice en de keizer bevorderde. De vriendschap tussen Katharina Schratt en keizer Franz Joseph duurde met een onderbreking in 1900/01 (na meningsverschillen met de keizer) tot aan zijn dood in november 1916, hoewel het na de dood van keizerin Elisabeth in 1898 al wat was bekoeld.
De actrice, die een genereus leven leidde en ook een gepassioneerd gokker was, kreeg herhaaldelijk financiële steun van de keizer om haar enorme schulden af te betalen. Bovendien overlaadde de keizer haar met waardevolle sieraden en schonk haar een villa aan Gloriettegasse 9 in Wenen, vlakbij Schönbrunn Paleis. Hij stelde haar ook Villa Felicitas ter beschikking in Bad Ischl op de weg naar Pfandl, dat al snel gewoon de “Schratt Villa” werd genoemd. De keizer verzette zich echter tegen alle pogingen van Katharina Schratt om via zijn persoon het beheer van het gerechtstheater te beïnvloeden. In het jaar 1909 stierf haar man en liet haar het Palais Königswarter na, waar ze sinds 1890 woonde en dat hij in 1907 had verworven, aan de Kärntner Ring 4, schuin tegenover de Weense Staatsopera.
Er is veel gespeculeerd over de aard van haar relatie met de keizer. Hoewel hij sinds 1878 een seksuele relatie had met Anna Nahowski, was Katharina meer een vertrouwde metgezel. Een kroniekschrijver van de keizerlijke periode, prinses Nora Fugger, die het keizerlijke paar evenals Frau von Kiss-Schratt goed kende, schreef in haar boek Im Glanz der Kaiserzeit, gepubliceerd in 1932:
“De vertegenwoordigingsplicht woog zwaar op de keizerin, de diamanten kroon woog zwaar op haar hoofd. Elk pompeus evenement, elk hoffestival was een gruwel voor haar… De passie voor reizen van de keizerin groeide met elk voorbijgaand jaar. Rondom de keizer werd het stiller en eenzamer. De keizerin besefte de noodzaak om iets te vinden om hem af te leiden en hem stimulerend gezelschap te bieden.'”
Omdat de keizerin geen optreden in het Burgtheater had gemist sinds het Industrial Ball in 1885, toen mevrouw Schratt optrad, werd ze gekozen. De keizerin verliet de schilder Heinrich von Angeliopdracht om een portret van de kunstenaar te maken. Tijdens de laatste ontmoeting bezochten de keizer en keizerin de studio, wat Katharina verraste. Tijdens het levendige gesprek kondigde Franz Joseph de actrice aan dat hij haar vanuit Ischl zou bezoeken tijdens haar zomerverblijf aan de Wolfgangsee, wat hij ook deed. Nora Fugger vervolgt:
“Keizerin Elisabeth was een slimme vrouw en ze had genoeg kennis van de menselijke natuur om in Frau Schratt precies de vrouw te zien die met haar frisheid en natuurlijkheid, haar gezonde gevoel voor humor en haar oprechte hart de Keizer en laat hem zijn eenzaamheid vergeten. En ze wist ook dat ze haar toestemming kon geven voor deze vriendschap, dat de relatie van de keizer met de kunstenaar nooit de grenzen van het toegestane zou overschrijden. De keizerin vergiste zich hierin niet – ook al wilde de grote wereld het niet geloven. Keizerin Elisabeth was nooit in de war door het karakter van de vriendin van haar man. Ja, zij was zelf, in alle oprechtheid, de derde in deze historisch waarschijnlijk unieke vriendschapsband.”
Georg Markus, die in 1982 een biografie van Katharina Schratt publiceerde, kwam bij haar terug in zijn boek Het was heel anders, gepubliceerd in 2013, en gebruikte historische brieven om te bewijzen dat Katharina Schratt goede vrienden was met andere mannen dan Franz Joseph: met Hans Graf Wilczek, die liefdesbrieven aan haar opdroeg, aan haar collega-acteur Viktor Kutschera, met wie ze optrad als Maria Theresia en Franz Stephan von Lothringen in het toenmalige Deutsches Volkstheater in Wenen, en aan Ferdinand von Sachsen-Coburg-Koháry, die later werd koning van Bulgarije.
