Oude beschrijvingen vertellen over de slechte toestand waarin vooral de oudere sarcofagen verkeerden. Vochtigheid, temperatuurswisselingen en de enorme bezoekersstromen waren niet zonder gevolgen gebleven. Er waren gaten, scheuren en barsten in de sarcofagen ontstaan.
Vooral horizontale vlakken waren laag voor laag gaan afbladderen, bodemplaten waren doorgebroken, ornamenten lieten los of waren door ontwrichting of door toedoen van bezoekers afgebroken. De gietkernen van talrijke figuren waren volgezogen met vocht en in de vorm geknapt, kistwanden waren onder het gewicht van hun deksels verwrongen.
De eerste restauraties vonden plaats in de jaren 1852-1853. In 1956 werd het “Gesellschaft zur Rettung der Kapuzinergruft” in het leven geroepen. Het doel was om het publiek te informeren over de toestand in de Kaisergruft, de middelen voor de restauratie bijeen te brengen en om de restauratie in gang te zetten.
Voor het nemen van alle volgende maatregelen, was het nodig om extra ruimte te creëren. In 1960 was de bouw van de Neue Gruft klaar en na het verplaatsen van 26 sarcofagen uit de overvolle Toskanagruft, kon men beginnen met de eerste werkzaamheden om de hoge luchtvochtigheid te verdrijven.
Voor de werkzaamheden in de Kaisergruft waren hoog opgeleide, gespecialiseerde vakmensen nodig. De restauratie en conservering van de kunstwerken ging in nauwe samenwerking met de kapucijner monniken, het “Gesellschaft zur Rettung der Kapuzinergruft”, het “Bundesdenkmalambt” (rijksmonumentenzorg) en het “Wiener Altstadterhaltungsfonds” (monumentenzorg van de stad Wenen).
Na een omvangrijke renovatie is de Kaisergruft sinds 2003 beschermt tegen vochtigheid en temperatuurswisselingen met de nieuwste klimaattechnologieën.
