In 1617 deelde keizerin Anna aan de kapucijner monniken in Wenen mee dat ze in Wenen een kerk, een klooster en een begraafplaats voor haar en haar echtgenoot wilde oprichten. Omdat zij hier ook de middelen voor wilde verstrekken, gingen de kapucijnen hier in september van hetzelfde jaar mee akkoord.
Iets meer dan een jaar later, op 15 december 1617 stierf de 33-jarige keizerin Anna. Ze had haar wensen: de bouw van een kerk, een klooster, een laatste rustplaats voor haar en haar echtgenoot, een schenking van het geld hiervoor en het nalaten van haar eigen geestelijke attributen en relikwieën voor de inrichting van de kapel, testamentair vast laten leggen. Keizer Matthias had als executeur-testamentair geen tijd om de wensen van zijn overleden echtgenote te verwezenlijken: hij stierf op 20 maart 1619. De lichamen van keizerin Anna en keizer Matthias werden na hun overlijden tijdelijk bijgezet in de kerk van het voormalige Königinkloster aan de Dorotheergasse.
Keizer Matthias werd opgevolgd door zijn neef Ferdinand II. Keizer Ferdinand II kon door de beginperikelen van de Dertigjarige Oorlog (1618-1648) pas in 1622 zijn energie steken in de verwezenlijking van hetgeen keizerin Anna en keizer Matthias testamentair hadden vastgelegd. Op 8 september 1622 werd op plechtige en feestelijke wijze de eerste steen gelegd. Door de Dertigjarige Oorlog werden pas in 1627 de eerste gedeelten van de kerk ingewijd. Het zou nog een aantal jaren duren eer de gehele kerk op 25 juli 1632 kon worden ingewijd. Waarschijnlijk was de crypte nog niet helemaal af. De stoffelijke resten van keizerin Anna en keizer Matthias werden pas na Pasen in 1633 van het Königinnekloster naar de Kapuzinergruft overgebracht.
.JPG){kind=link}