In de Kapuzinergruft ligt slechts één niet-Habsburger begraven: gravin Karoline Fuchs-Mollard, oorspronkelijk kindermeisje, maar later vertrouwelinge van Maria Theresia. Tot 1940 lag hier ook Napoleon II, de enige zoon van Napoleon Bonaparte en Marie Louise van Oostenrijk. Zijn lichaam werd echter in 1940 op bevel van Adolf Hitler overgebracht naar de Dôme des Invalides in Parijs.
