De naam ‘Engelsgruft’ (Engelencrypte) komt uit de tijd dat in dit deel van de crypte ook kinderen werd begraven:
- Vier kinderen van keizer Ferdinand III
- Zeven kinderen van Leopold I
- Stilgeboren zoon van keurvorst Pfalz Johann Wilhelm
Deze kindersacofagen werden later herbegraven in de muurnissen (Arcosolien) in de oostelijke muur van de Leopoldsgruft.
In het jaar 1639 liet keizer Ferdinand III zijn twee zoons, Philipp, en, Maximilian, die binnen een week na elkaar overleden, begraven naast keizerin Anna van Tirol en keizer Matthias van Oostenrijk. In het jaar 1646 werd keizerin Maria Anna en de pasgeboren Maria in de grafkelder bijgezet. In het jaar 1649 werd de tweede vrouw van keizer Ferdinand III, keizerin Maria Leopoldina, bijgezet in de grafkelder. In het jaar 1653 volgde een dochtertje uit het derde huwelijk van keizer Ferdinand III, prinses Theresia Maria. In 1654 werd de eerste zoon van de Romeinse koning Ferdinand IV in de grafkelder bijgezet.
“Ter wille van de begrafenis bekijken we hetzelfde in Wenen met de kapucijnen op de plaats, precies in de Jennigen Krufft en Capelln, waar keizer Matthias en zijn vrouw Ged zegenden. precies zoals onze mooie prinsen het liefst zouden doen.”
Toen Ferdinand III, op Sint Antoniusdag in het jaar 1656 in de Kapucijnenkerk was, vertelde hij pater Guardian dat het zijn wens was om hier ooit te rusten, als er nog plaats was voor zijn rustbed. Hiervoor moest de crypte worden uitgebreid. De keizer overleed in de lente van 1657. Zijn kist moest tegenover de andere worden geplaatst anders was er geen ruimte meer.