Op 8 maart 1878 overleed Aartshertog Franz Karl in Wenen. Hij overleefde zijn vrouw zes jaar. Hij was de laatste Habsburger die in Wenen werd begraven volgens het oude gerechtelijke protocol van ” gescheiden begrafenis “: de harturn in de Loreto-kapel van de Augustijner Kerk, de ingewanden in de hertogelijke crypte van de Stephansdom en de rest van het lichaam in de Kapucijnencrypte. Met hem eindigt de reeks van 41 mensen wiens lichamen werden verdeeld over alle drie de traditionele Weense begraafplaatsen van de Habsburgers (Imperial Crypt, Heart Crypt, Duke Crypt). ( In individuele gevallen werden ook begrafenissen met een zuiver hart later uitgevoerd, bijvoorbeeld in 2011 met Otto von Habsburg .)
