Op 1 februari 1904 vertrok Ludwig Viktor officieel voor een kuur in Meran en vandaar naar Salzburg, waar hij voor altijd zou leven. Deze ballingschap werd echter pas bekend toen hij zijn hofhouding in Wenen ontbond en het paleis leeg liet. De echte reden bleef echter voor het publiek verborgen, er was alleen sprake van een “ruzie” met de keizer. Ludwig Victor bezocht hem echter een jaar later op weg naar Ischl in Salzburg, en ook andere familieleden bezochten de aartshertog.
Ludwig Victor leefde een teruggetrokken leven in Klessheim en nodigde slechts een kleine vriendenkring uit. Het enige zichtbare teken van zijn verbanning was dat hij geen uniform meer droeg, maar de laatste Engelse white hat-mode. Hij had ook twee nobele adjudanten, een kamerheer, een secretaris en een bediende. Hij onderhield nog nauwer contact met de dochters van de keizer, Gisela en Marie Valerie, die hij vaak ontmoette in Salzburg en Ischl. Zijn neef aartshertog Otto, die hij had geadopteerd, overleed in 1906, dus richtte hij in 1910 een familiestichting op met Otto’s weduwe en zonen als begunstigden. Hij bleef geld doneren aan tal van liefdadigheids- en kunstsponsorverenigingen.
Ludwig Victor kreeg ruzie met Ferdinand IV van Toscane, een jarenlange vriend, die ook in ballingschap leefde in Salzburg, nadat zijn dochter Luise in 1902 haar man, kroonprins Friedrich August van Saksen, had verlaten. De biograaf Katrin Unterreiner is verbaasd “dat uitgerekend hij, die zijn privéleven volledig buiten de morele norm van die tijd leefde en bovendien in ballingschap verkeerde, de verontwaardigde morele apostel was en de contactpersoon over de kwestie van Luise’s scheiding, evenals de zaak met Franz Ferdinand en zijn misalliance aan de buitenstaanders”. Volgens het verslag van Unterreiner was Ludwig Viktor (net als zijn familie en de hele rechtsgemeenschap) destijds de norm. Dubbele standaarden, volgens welke conventies altijd in acht moesten worden genomen en de uiterlijke schijn behouden moest blijven, terwijl men privé bijna alles kon.