Toen Margaretha en haar man Karl Ludwig in de herfst van 1858 in Noord-Italië waren, werd Margaretha ziek van tyfus tijdens een verblijf in het koninklijk zomerpaleis in Monza. Op 15 september 1858 overleed Margaretha op 18-jarige leeftijd in Monza. Haar lichaam werd binnen een week vervoerd naar Wenen, waar ze haar laatste rustplaats vond in de Kapucijnerceuft. Haar hart werd daar op verzoek van de magistraat van Innsbruck begraven in de hofkapel om een deel van het stoffelijk overschot in Innsbruck te bewaren.
