In de late fase van de Tweede Wereldoorlog bracht Franz Joseph II zijn moeder Elisabeth Amelie en zijn vader Alois, die in 1923 afstand hadden gedaan van de troonopvolging in Liechtenstein ten gunste van Franz Joseph II, voor het naderende oorlogsfront naar Vaduz. Elisabeth Amelie en haar man brachten daar hun laatste jaren door nadat ze hun Moravische eigendommen hadden verloren.
Op 13 maart 1960 overleed Elisabeth Amelie op 81-jarige leeftijd in Vaduz en werd daar begraven in de prinselijke crypte. Ze was lid van het Huis Habsburg-Lotharingen.