Na de dood van hun vader was Otto Frans oudere broer Franz Ferdinand volgens het Salische erfrecht troonopvolger. Het was echter bij het publiek bekend dat keizer Franz Joseph weinig relatie had met zijn nieuwe troonopvolger, die hem voortdurend bekritiseerde en nooit uit de weg ging met hem in discussie te gaan.
Tijdens zijn verblijf in het kuuroord in Egypte hoorde aartshertog Franz Ferdinand in 1896 dat graaf Goluchowski, minister van het keizerlijke en koninklijke huis en van buitenlandse zaken, de keizer had gevraagd om te overwegen de troonopvolging te reorganiseren. Het gerucht verspreidde zich onmiddellijk dat de broer van Franz Ferdinand, Otto Frans, de troonopvolger zou worden, vooral omdat hij in die tijd talloze verbeteringen aan zijn huishouden had ontvangen van de keizer. Hij kreeg het Augarten-paleis als representatieve residentie en zijn hof werd aanzienlijk vergroot. Dit maakte Franz Ferdinand zo bang dat hij snel herstelde van zijn verontwaardiging.
Toen Franz Ferdinand op 28 juni 1900 officieel de erkenning van de toekomstige troonopvolging ondertekende, waardoor alle kinderen uit zijn dreigende ongelijke huwelijk met Sophie Chotek von Chotkowa van de troonopvolging werden uitgesloten, stonden Otto Frans (en zijn nakomelingen) op als de toekomstige erfgenaam van de troon van zijn oudere broer. Vanwege Otto Frans vroege dood in 1906 zou deze regel zich echter pas manifesteren bij de dood van Franz Ferdinand in 1914, waarbij Otto Frans oudste zoon aartshertog Karl de troonopvolger werd (en in 1916 de laatste keizer en koning).