Na het overlijden van kroonprins Rudolf in het jaar 1889 werd de vader van Frans Ferdinand de vermoedelijke troonopvolger. Na diens overlijden in 1896 benoemde keizer Frans Jozef Frans Ferdinand met tegenzin tot troonopvolger; hij had geen vertrouwen in hem. Hun ideeën over het keizerrijk verschilden ook behoorlijk. Frans Ferdinand was het niet eens met de speciale status die Hongarije in de dubbelmonarchie had, maar streefde eerder naar een gedecentraliseerde staat met autonomie voor de diverse bevolkingsgroepen. In verband daarmee was hij een voorstander van een politiek van vrede en stabiliteit, waardoor hij in conflict kwam met de oorlogsgezinde partijen aan het hof.