Toen Ferdinand Karl 3 jaar oud was overleed zijn moeder aan een longziekte. Twee jaar na de dood van zijn moeder hertrouwde zijn vader met de 17-jarige Portugese prinses Maria Theresia van Bragança.
Ferdinand Karl was zijn hele leven geïnteresseerd in literatuur en muziek en voelde zich al op jonge leeftijd aangetrokken tot het theater. Hij zette zijn militaire opleiding in het keizerlijke leger serieus voort, maar wilde niets liever dan Burgtheatermanager worden. Als aartshertog was dit burgerlijk beroep voor hem echter uitgesloten.
Hij had goed contact met zijn oudste broer Franz Ferdinand, maar was tegen zijn morganatisch huwelijk met Sophie Chotek, die uit de oude adel kwam maar niet zijn gelijke was, en weigerde het huwelijk van zijn oudere broer en zijn verloofde bij te wonen. Net als zijn broer erfde hij de longziekte van zijn moeder en moest hij in oktober 1904 om gezondheidsredenen zijn militaire loopbaan beëindigen. Meest recentelijk voerde hij als generaal-majoor het bevel over de 18e Infanteriebrigade.