In 1902 ontmoette Ferdinand Karl Berta Czuber op het Wiener Technikerball en werd verliefd op haar. Haar vader Emanuel Czuber was een wiskundeprofessor aan de Technische Universiteit van Wenen en een keizerlijke geheime raadslid. Toen keizer Franz Joseph geruchten over een vaste relatie bereikte, eiste hij dat zijn neef zou scheiden van zijn minnares. Om tijd te winnen stemde hij in met alle eisen.
Op 15 augustus 1909 trouwde Ferdinand Karl toch met zijn geliefde Berta Czuber. De pasgetrouwden waren constant op reis, dus het huwelijk bleef voorlopig geheim en ook familie en vrienden vermoedden niets. De aartshertog bezocht de keizer in 1911 en bekende het geheime huwelijk. keizer Franz Joseph zorgde er toen voor dat Ferdinand Karl het Huis Habsburg verliet, hoewel hij nog steeds werd gesteund met 44.000 kronen. Op dat moment leed de aartshertog al aan koorts en flauwvallen en werd hij verzorgd door zijn vrouw. De keizer probeerde een schandaal over het huwelijk te voorkomen en liet de naam van Ferdinand Karl verwijderen uit alle officiële documenten van de keizerlijke familie. Hij moest ook afstand doen van alle titels in het Archhouse en in het leger.
Na het reispseudoniem van zijn vader Karl Ludwig noemde hij zichzelf Ferdinand Burg en woonde hij op geërfde landgoederen in het huidige Zuid-Tirol, de residenties Schloss Rosenstein en Rottenstein.
Ferdinand Karl en Berta kregen samen geen kinderen.
#/media/Datei:Ferdinand_Karl_Austria_1868_1915_BertaCzuber.jpg){kind=link}