Na de dood van keizer Franz Joseph leefde de voormalige actrice bijna volledig in afzondering in haar appartement van 500 m² op de derde verdieping van haar paleis. Slechts af en toe verscheen de toegewijde dierenvriend (ze had zelf een aap, drie papegaaien en soms zeven honden) in het openbaar, bijvoorbeeld voor lezingen voor liefdadigheidsorganisaties. Anders werd het leggen van puzzels een van haar hoofdbezigheden.
In haar late jaren werd Katharina Schratt een diep religieuze vrouw, die dagelijks naar de kerk ging en meerdere keren per week pelgrimstochten maakte naar het graf van wijlen keizer Franz Joseph in de kapuzinergruf. Ze handhaafde de striktste discretie over haar relatie met de keizer.
Op 17 april 1940 stierf Katharina Schratt op 86-jarige leeftijd van ouderdom. Ze werd begraven op de begraafplaats Hietzing (groep 19, nummer 108) in Wenen.
