Op zaterdag 10 september 1898 maakte de Italiaanse anarchist Luigi Lucheni in Geneve een eind aan Sisi’s leven. Hij stak een vijl in haar hart toen zij op weg was naar een aanlegsteiger. Korte tijd leek het niet zo erg te zijn: De steekwond was heel klein, dat men het over het hoofd zag en alle betrokkenen geloofden in een vuistslag. De keizerin stond weer op en ging aan boord van het schip. Aan boord van het schip zakte Sisi in elkaar en overleed. Dit alles gebeurde slechts een paar honderd meter van het hotel ‘Bean Rivage’ waar ze de nacht had doorgebracht.
Achter haar gewelddadige dood verschuilt zich nog een bijzonder tragisch component: Eigenlijk had Luigi Lucheni het voorzien op de prins van Orléans als vertegenwoordiger van de door hem gehate aristocratie. Maar de prins annuleerde zijn geplande reis naar Geneve. In plaats daarvan kreeg de plaatselijke krant de tip dat de keizerin van Oostenrijk op bezoek was, alhoewel zij onder het pseudoniem ‘gravin van Hohenembs’ reisde. Omdat het Luigi niet uitmaakte welk persoon hij zou doodde, werd nu de keizerin van Oostenrijk het slachtoffer.
Haar laatste rustplaats vond Elisabeth in de Crypte van de Kapuzinergruft in Wenen, de traditionelen grafkelder van de keizerlijke familie. Haar sarcofaag staat naast die van haar man en haar zoon.