Het lichaam van de kleine Sophie werd terug naar Wenen gebracht en bijgezet in de Kapuzinergruft. Ze werd bijgezet in de Ferdinandsgruft. De dood van haar oudste kind zou Sisi haar hele leven achtervolgen. Elisabeth werd indirect verantwoordelijk gehouden voor de dood van Sophie door haar schoonmoeder aartshertogin Sophie. Ze kreeg een inzinking en sloot zichzelf dagen achter elkaar op in haar appartementen of ging paardrijden tot ze uitgeput was, gewoon om niet na te hoeven denken. Sophie’s dood bepaalde ook wie de kinderen kreeg. Aartshertogin Sophie nam de kinderen onbetwistbaar mee zodra ze geboren waren. Elisabeth begon ook haar enige dochter, Gisela, te verwaarlozen, en hun relatie was niet hecht. Een van Elisabeths hofdames, Marie Festetics, merkte in haar dagboek op dat de keizerin niet eens de tijd nam om Gisela’s huwelijksvoorbereidingen bij te wonen. Elisabeth gedroeg zich ook op dezelfde manier naar haar enige zoon, Rudolf, kroonprins van Oostenrijk. Voor de rest van haar leven droeg Elisabeth een armband met een afbeelding van haar overleden dochter en bewaarde ze een portret van haar in haar appartementen.
