Op 25 november 1926 trouwde Hubert met prinses Rosemary van Salm-Salm. De bruiloft vond plaats in kasteel Anholt in Westfalen. Op 26 november 1926 trouwde het paar voor de kerk.
Hubert en Rosemary kregen samen dertien kinderen:
- Friedrich Salvator van Oostenrijk
- Agnes Christina van Oostenrijk
- Maria Margaretha van Oostenrijk
- Marie Louis
- Maria Adelheide
- Elisabeth Mathilde
- Andreas Salvator
- Josepha Hedwig
- Isabella Valeria
- Maria Alberta
- Marcus Emmanuel Salvator
- Johann Maximiliaan
- Michel Salvator