Hubert diende tijdens de eerste wereldoorlog als eerste luitenant en kapitein in het No. 4 Dragoon Regiment. Hij nam deel aan de loopgravenoorlog op Bug en Dubno. Vervolgens diende hij als rijdend ordonnateur bij het 9th Mountain Brigade Command in de Dolomieten. In 1914 ontving Hubert Salvator de Orde van het Gulden Vlies.
Van september tot november 1917 nam hij namens keizer Karel I samen met de oriëntalist Alois Musil de Oostenrijkse missie naar het Oosten naar Klein-Azië, Syrië en Palestina over De missie was bedoeld om de belangen van de monarchie in het Ottomaanse Rijk te beschermen, vooral in de concurrentie met bondgenoot Duitsland. Hubert Salvator had de leiding over de “representatieve leiding” van de missie, en het hoofd van de missie was de deskundige Musil. De missie, officieel gestuurd om troepen te inspecteren en contact te onderhouden met Ottomaanse functionarissen en oosterse christenen, diende ook de droom van keizer Karel van een “religieus protectoraat van de Habsburgers in het Oosten”. Charles wilde het culturele protectoraat van Frankrijk over de oosterse christenen overnemen. De missie had economische, wetenschappelijk-culturele en propagandamotieven, maar het militaire aspect was slechts een dekmantel.
De ervaren Oostenrijkse ambassadeur in Constantinopel János von Pallavicini, die tevergeefs had geprobeerd de missie te voorkomen omdat hij vreesde voor conflicten met de Ottomaanse regering, oordeelde later dat de aartshertog de situatie in Palestina en Syrië juist had begrepen. Veldmaarschalk Luitenant Joseph Pomiankowski militair gevolmachtigde van Kuk in het Ottomaanse Rijk, merkte op dat Hubert Salvator de beste indruk achterliet vanwege zijn zeer sympathieke uiterlijk, zijn bescheiden, beminnelijke houding en zijn stille ernst.