In april 1945 werd het graf geplunderd door Sovjetsoldaten. Nadat de soldaten waren vertrokken, werd de schade slechts oppervlakkig hersteld en werd pas op 7 juli 1959 een nieuwe begrafenis uitgevoerd. Het stoffelijk overschot werd herbegraven in een nieuwe tinnen kist, die op ijzeren steunen over de oude prachtige kist werd geplaatst. Aanwezig waren naast de latere abt van het klooster van Heiligenkreuz, Gerhard Hradil, de neef van Mary, Heinrich Baltazzi-Scharschmid, en het hoofd van de gemeentelijke begrafenis van Baden, Amtsrat Halbwachs.
Mary von Vetsera veroorzaakte in december 1992 opnieuw opschudding. Volgens krantenberichten over een vermeende grafontheiliging in Heiligenkreuz – de voorheen met mos bedekte voegen van het graf waren blootgelegd – werd de crypte op officieel bevel geopend en werd de oude prachtige kist gevonden leeg. De botten waren op 8 juli 1991 door de meubelhandelaar Helmut Flatzelsteiner uit Puchenau, die geïnteresseerd was in de Mayerling- mythe, met behulp van twee helpers gestolen om ze te laten onderzoeken in een laboratorium en om de opgedane kennis te publiceren. De zaak werd gemeld door de Weense journalist Georg Markusontdekt en aangifte gedaan bij de politie. Nadat de overblijfselen waren veiliggesteld, gaf de familie Baltazzi-Vetsera toestemming voor een forensische analyse , maar trok deze toestemming in voordat het onderzoek was afgerond.
Op 28 oktober 1993 werden de botten begraven in een nieuwe kist, gesloten voor het publiek, en de crypte werd gevuld met aarde om een nieuwe ontwijding van het graf te voorkomen.
Aangezien de familie Baltazzi-Vetsera onder meer de DNA-analyse weigerde om de identiteit van de botten vast te stellen, is het alleen zeker dat in dit graf het stoffelijk overschot ligt van een ongeveer 18-jarige vrouw, wiens ligtijd rond 115 jaar is en waarvan de schedel twee kogelgaten heeft (balinvoer en baluitgang). De haaronderzoeken brachten rooksporen aan het licht. De kleding die de doden dragen, komt uit die tijd en is afkomstig uit de Weense modewinkels waar vroeger de familie von Vetsera winkelde.
In 2007 werd de oude koperen kist bij toeval herontdekt in de abdij Heiligenkreuz. Het is gerestaureerd en is sinds 2010 te zien in Karmel Mayerling.
De grafontheiliger, die zijn daad in een monografie omschreef als “ontvoering”, ontsnapte aan vervolging omdat het bevoegde parket in Wiener Neustadt de strafrechtelijke aanklacht liet vallen op verdenking van zware diefstal, definitieve confiscatie van eigendommen en verstoring van de openbare orde. de doden, na een civiel proces . Hij betaalde het klooster echter 27.500 schilling (1.999 euro) aan schadevergoeding