Iedereen noemde haar Erzsi (het verkleinwoord van de Hongaarse versie van haar naam Erzsébet = Elisabeth); ze werd door de hele familie vertroeteld, omdat ze de enige dochter van de kroonprins was. Met haar tante Clementine, de jongste zus van haar moeder, had ze een uitstekende vriendschapsband. Haar vader, kroonprins Rudolf van Oostenrijk overleed toen Elisabeth Marie vijf jaar oud was.
Na de dood van haar vader, kroonprins Rudolf, nam Franz Joseph de voogdij over Erzsi over; op zijn bevel mocht ze Oostenrijk niet met haar moeder verlaten. Op jonge leeftijd toonde ze een sterke persoonlijkheid en verzette ze zich tegen het Weense hof.
Haar grootmoeder, de grillige en door het imago geobsedeerde keizerin Elisabeth, vond het niet leuk om als grootmoeder te worden geïdentificeerd en had daarom geen hechte band met een van haar kleinkinderen. Echter, na haar moord in 1898, specificeerde haar testament dat buiten een groot legaat van de verkoop van haar juwelen ten voordele van liefdadigheidsinstellingen en religieuze ordes, al haar persoonlijke bezittingen werden nagelaten aan Erzsi, haar naamgenoot en het enige kind van Rudolf. De keizerin maakte geen geheim van haar afkeer van haar schoondochter voorafgaand aan het schandaal en na het Mayerling-incident, gaf Stefanie’s jaloerse gedrag de schuld van de depressie en zelfmoord van haar zoon. De kroonprinses was zelf volledig afhankelijk van de liefdadigheid van de keizer, daarom had het gebrek aan keizerlijke steun aan Stefanie na de dood van haar man een negatieve invloed op haar relatie met haar dochter; moeder en dochter hadden nooit een goede band gehad.
In 1900 deed Stefanie afstand van haar titel van kroonprinses om te trouwen met de protestantse Hongaarse graaf, de latere prins Elemér Lónyay von Nagy-Lónya und Vásáros-Namény. Hoewel Franz Joseph haar een bruidsschat gaf en Lónyay zich uiteindelijk bekeerde, verbrak Elisabeth alle contacten met haar moeder omdat ze het huwelijk afkeurde, omdat ze het een verraad aan de herinnering aan haar vader vond ook gaf Elisabeth haar moeder de schuld van de Mayerling-tragedie. Later, na haar huwelijk, nam Stefanie wraak door Elisabeth in 1934 te onterven.
Ze rouwde om haar overleden vader Rudolf en zijn geliefde Mary von Vetsera op elke verjaardag van hun dood.
