Toen Frans Ferdinand 8 jaar oud was overleed zijn moeder. Twee jaar na de dood van zijn moeder hertrouwde zijn vader met de 17-jarige Portugese prinses Maria Theresia van Bragança. Frans Ferdinand kreeg een goede band met zijn stiefmoeder, zij zou hem ook steunen in zijn keus bij zijn huwelijk.
Frans Ferdinand had geen belangstelling voor cultuur, maar wel voor het leger. Hij werd generaal-majoor bij de cavalerie. Daarnaast had hij grote belangstelling voor de jacht, die leidde tot een haast ziekelijke neiging om zo veel mogelijk dieren af te schieten.