Gevangen in de Cerro de las Campanas, wordt Maximiliaan gedwongen terug te keren naar zijn oude kamer in het klooster van het kruis. Hij ging liggen en keek onder zijn matras in de hoop geld te vinden waar hij ook de aandacht van dokter Basch kreeg. Twee dagen later, op 17 mei 1867, brachten de Republikeinen Maximiliaan over naar het klooster van Las Teresas – waaruit de nonnen net waren verdreven – omdat de cellen schoner waren en de ruimte zich leende voor beter toezicht.
Maximiliaan voerde voorafgaand aan zijn processen enkele onderhandelingen om zijn vrijheid te bereiken: hij ontmoette Escobedo op 23 mei 1867, waar hij in ruil voor zijn terugkeer naar Oostenrijk de twee steden die nog in handen waren van de imperialisten zou teruggeven: Mexico-Stad en Veracruz; Escobedo verwierp het voorstel omdat beiden al klaar waren om in handen van de Republikeinen te vallen. Diep ontmoedigd keerde Maximiliaan terug naar het klooster van Las Teresas. De dag na dit interview, 24 mei 1867, werd Maximiliaan naar het kapucijnenklooster gebracht, dat zijn laatste gevangenis werd.
Op 13 juni 1867 zouden Maximiliaan en zijn generaals Miramón en Mejía verschijnen voor een speciale krijgsraad in het Iturbide-theater, waar ze zich om acht uur ’s ochtends installeerden. Het bestond uit zeven officieren en werd voorgezeten door Rafael Platón Sánchez, een soldaat die had deelgenomen aan de Slag bij Puebla. Getroffen door dysenterie slaagde Maximiliaan erin niet voor een dergelijke rechtbank te verschijnen, maar hij werd vertegenwoordigd door twee Mexicaanse advocaten: Mariano Riva Palacio en Rafael Martínez de la Torre. De beschuldiging bevatte dertien punten; de volgende dag, na de officier van justitie Manuel Azpíroz las het en verklaarde dat de feiten “voor de hand liggend” waren, hij kreeg drie stemmen voor de doodstraf en drie voor ballingschap; De zevende stemming van Azpíroz maakte een einde aan het doodvonnis.
In een poging zijn broer te beschermen, herstelde Franz Joseph I hem volledig in zijn rechten als aartshertog van het Huis van Habsburg. Andere Europese vorsten ( koningin Victoria, koning Leopold II en Isabel II van Spanje ) stuurden brieven en telegrammen waarin ze Juárez smeekten om het leven van Maximiliaan; Andere prominente figuren uit die tijd zoals Charles Dickens, Victor Hugo of Giuseppe Garibaldi deden dat ook. Toen het vonnis en de laatste argumenten van de advocaten van de verdediging waren afgerond, was Juárez aanwezig; Baron Anton von Magnus en een groep vrouwen uit San Luis Potosí (imperialistische staat) smeekten hem op hun knieën om zijn leven te sparen; Inflexibel antwoordde Juárez:
“De wet en de straf zijn op dit moment onverbiddelijk, omdat de openbare veiligheid dit vereist.”
Prinses Inés de Salm-Salm (vrouw van prins Félix ), die in Querétaro was, probeerde een deel van het garnizoen dat de stad bewaakte om te kopen om de ontsnapping van Maximiliaan en de andere twee gevangenen te vergemakkelijken, maar de manoeuvre werd ontdekt door Mariano Escobedo.
