Er werd besloten Charlotte te sparen en te behoeden voor het nieuws dat haar man was geëxecuteerd; het personeel mocht niet rouwen zodat de keizerin geen argwaan zou krijgen. Een maand later liet koning Leopold II van België zijn zus naar Laken terugkomen. Ondertussen bleef de keizerin in een kunstmatige roes, niet wetende van de gebeurtenissen. Pas na zeven maanden kreeg ze het nieuws te horen, hetgeen haar geestestoestand niet verbeterde.
De keizerin kreeg vlagen van hysterie en woede, afgewisseld met heldere momenten. Volgens sommigen bleef zij tot haar dood volhouden keizerin van Mexico te zijn. “Haar bruidsjurk, verlepte bloemen en een gevederd Mexicaans afgodsbeeld hingen bij haar aan de muur. Volgens berichten bracht ze haar dagen door in gesprek gewikkeld met een levensgrote pop gekleed in een keizerlijk gewaad. Zij sprak deze pop aan met ‘Max’ en beweerde dat hij het hart van Maximiliaan bezat.
Algauw besefte de koning dat ze niet in Laken kon blijven, en stuurde haar naar het Paviljoen van Tervuren, het vroegere zomerpaleis van de prins van Oranje (Willem II), onder toezicht van Antoine Hart.
Op 3 maart 1879 brandde het paviljoen van Tervuren af. Niet ver van deze plek zou Leopold II later het Koloniënpaleis bouwen. De keizerlijke arts Hart redde de keizerin, die de ernst van de zaak niet besefte. Daarna verhuisde Charlotte met haar hofhouding naar het Kasteel Bouchout te Meise, waar zij tot haar dood bleef wonen.
Dat zij de schoonzus was van de Oostenrijkse keizer, vormde in de Eerste Wereldoorlog een netelige situatie voor koning Albert. De koningskinderen verbleven tijdens de Eerste Wereldoorlog in Engeland terwijl koningin Elisabeth en koning Albert in het niet-bezette deel van België verbleven. De keizerin bleef in haar kasteel in het bezette landsdeel. Aan de ingang hing een bord:
‘Hier woont hare Majesteit de Keizerin van Mexico; schoonzus van zijne Keizerlijke Majesteit; Franz-Jozef, Keizer van Oostenrijk; Koning van Hongarije.’
De Duitse keizer gaf expliciet het bevel de schoonzus van de Oostenrijkse keizer te sparen. De Duitse troepen lieten de keizerin met rust, tot tevredenheid van de koninklijke familie. De koninklijke familie bleef zich bekommeren om de oude vorstin. Ze kreeg veel aandacht van haar neven en nichten: prinses Clementine en prins Boudewijn, maar ook prinses Louise en prinses Henriëtte vergaten haar niet. Keizer Frans Jozef zou via zijn schoondochter aartshertogin Stefanie contact houden.
.jpg){kind=link}