Op 24 augustus 1858 in Possenhofen trouwde Helene met prins Maximilian Anton Lamoral von Thurn und Taxis. Helenes jongere zus, keizerin Elisabeth van Oostenrijk was niet bij het huwelijk aanwezig, omdat ze een aantal dagen daarvoor bevallen was van een zoon.
Hertog Maximilian Joseph schonk het paar Schloß Biederstein in München, waar ze ook hun wittebroodsweken doorbrachten. In oktober verbleef het paar nog een aantal dagen in Ischl.
Op 22 december 1858 trokken Maximilian en Helene officieel in Regensburg in, waar ze hartelijk werden begroet door de bevolking.
