Op 10 juli 1900 trouwde Marie Gabriëlle met kroonprins Rupprecht van Beieren in München. Na de bruiloft vestigde het paar zich in Bamberg. Het paar reisde vaak.
In het jaar 1903 gingen Marie Gabriëlle en haar man op tournee die hen onder andere naar India, China en Japan bracht; ze keerden terug via de Verenigde Staten. De reis was wetenschappelijk van aard en het paar werd opgewacht door een bekende professor van de Universiteit van Münchenvergezeld. In Japan werd Marie Gabriëlle echter ernstig ziek, ze onderging bij haar terugkeer in Beieren een operatie wegens blindedarmontsteking en herstelde volledig.
Marie Gabriëlle en Rupprecht kregen samen vier kinderen:
– Luitpold
– Irmingard Marie
– Doodgeboren dochter
– Albrecht
– Rudolf
