Vanuit Zwitserland werd keizer Frans Jozef via zijn adjudant Eduard von Paar per telegram op de hoogte gebracht van het overlijden van zijn echtgenote. Het telegram vroeg ook de toestemming aan de keizer om een autopsie uit te voeren. Frans Jozef antwoordde dat alle procedures die door de Zwitserse wet waren voorgeschreven, gevolgd moesten worden. Een dag later ging Étienne Golay over tot de lijkschouwing. Hij ontdekte dat het moordwapen, dat nog niet teruggevonden was, een wond van 85 mm had gemaakt, de thorax van de keizerin was doorgedrongen, de vierde rib was gebroken, de longen en het hartzakje was doorboord en het hart was binnengedrongen. Vanwege de scherpte en dunheid van de nagelvijl was de wond heel klein. Vanwege het strakke korset dat de keizerin droeg werd het kloppen van haar hart niet onmiddellijk belemmerd, wat de reden bleek waarom de keizerin na de aanval nog tot aan de stoomboot kon wandelen. Golay fotografeerde de wond en overhandigde de foto aan de Zwitserse gerechtelijke autoriteiten, die de foto evenwel lieten vernietigen op bevel van Frans Jozef, samen met andere autopsie-instrumenten.
Op de dinsdag na de moord werd het lichaam van de keizerin officieel geïdentificeerd door gezanten van keizer Frans Joseph, waarna de driedubbele lijkkist van de keizerin werd verzegeld. Woensdagochtend werd het lichaam van Elisabeth overgebracht naar het station Genève-Cornavin, alwaar het na een eerbetoon van de Bondsraad en de Staatsraad van Genève per trein werd overgebracht naar Wenen.
