In het voorjaar van 1868 kreeg de bijna 9-jarige Leopold, hertog van Brabant, last van een koude rilling na een val in de vijver in het Park van Laken. Zijn toestand verslechterde snel: de arts stelde acute pericarditis vast. In de zomer leek hij te herstellen, maar zijn hoest hield aan. De arts adviseerde de huig te verwijderen en voerde deze operatie uit voordat zijn jonge patiënt naar Oostende ging om te herstellen. Koningin Marie Henriette isoleerde zich in Spa om uit te rusten, terwijl koning Leopold II, belemmerd door staatszaken, en zijn twee dochters in Laken bleven. In augustus werd Leopold, die aan waterzucht leed , teruggebracht naar Laken. De koningin verliet sindsdien nooit meer het bed van haar zoon. Na in september de laatste sacramenten te hebben ontvangen , zag het kleine patiëntje er beter uit, maar zijn toestand verslechterde opnieuw tot hij op 22 januari 1869 stierf. Tijdens de ziekte van de hertog van Brabant was Louise zich volledig bewust van de ernst van de problemen van haar broer. toestand, waarvoor ze bad voordat ze afscheid van hem nam.
Dit eerste drama in het leven van de jonge prinses en van de hele Belgische koninklijke familie heeft Louise diep getroffen, die in haar memoires schrijft:
“Het was een traan in mijn wezen. Ik durfde, herinner ik me, God te vervloeken, om hem te ontkennen. Ik zou me geen bestaan zonder hem meer kunnen voorstellen”.
Louise’s oom van vaderszijde, Prins Filip, graaf van Vlaanderen, werd de nieuwe troonopvolger en vijf maanden later, op 3 juni van hetzelfde jaar, beviel de gravin van Vlaanderen van een jongen die de oude nationale voornaam Boudewijn kreeg . . Koning Leopold II koesterde de hoop op een tweede zoon en hervatte daarom een intiem leven met de koningin; maar na een miskraam in maart 1871 werd op 30 juli 1872 een derde dochter geboren: Clémentine, het laatste kind van het koninklijk paar.