In het jaar 1911 kocht Elisabeth kasteel Schönau en liet het ingrijpend herinrichten. Daarvoor was het eigendom van Otto Franz Joseph van Oostenrijk, een neef van keizer Franz Joseph. Geruchten bleven zich verspreiden in de keizerlijke samenleving over de ontrouw van Otto Windisch-Graetz. Het paar raakte steeds meer vervreemd en Elisabeth Marie bracht de winters door met haar kinderen, gescheiden van haar man, in Istrië. In het jaar 1913 ontmoette Elisabeth in Pola luitenant Egon Lerch in Pola, met wie ze in ieder geval bevriend was tot hij stierf als onderzeebootcommandant in augustus 1915.
In de Eerste Wereldoorlog strandde het huwelijk uiteindelijk. In augustus 1915 confronteerde ze haar man Otto voor het eerst met haar wens om te scheiden. De bejaarde keizer, die fundamenteel tegen echtscheiding was, was het daar echter niet mee eens.
Na de dood van de keizer waren er verhitte discussies over de voogdij over de kinderen, die pas in 1924 werden opgelost, toen het paar uiteindelijk uit elkaar ging. Volgens andere bronnen werd het huwelijk pas in februari 1948 officieel gescheiden. De achtergrond was een gerechtelijk bevel uitgevaardigd door Otto Windisch-Graetz in 1921, waarbij hij de kinderen toegewezen kreeg. In die tijd koos de rechtbank traditioneel de kant van de man in hechtenisgeschillen. Maar de kinderen weigerden wanhopig om door hun vader meegenomen te worden.
Toen de rechter uiteindelijk met de deurwaarder en 22 gendarmes naar het kasteel van Schönau kwam om de kinderen op te halen, blokkeerden ongeveer honderd sociaaldemocratische arbeiders de ingang. De rechter moest zich terugtrekken. Dit incident hield de internationale pers en de christen-sociale regering bezig . De door de man opgelegde rechtszaak werd geseponeerd en de kinderen bleven bij de moeder.
In overeenstemming met de wet werd Elisabeth in 1924 officieel “gescheiden van tafel en bed”, maar volgens de toenmalige kerkelijke wetgeving werd ze niet definitief gescheiden, wat hertrouwen onmogelijk maakte. Pas in 1948 slaagde ze erin alle bureaucratische obstakels weg te nemen.
