Op 1 juli 1900 trouwde Frans Ferdinand morganatisch met gravin Sophie Chotek. De keizerlijke familie stond het huwelijk pas toe nadat men was overeengekomen dat Sophie geen koninklijke status zou krijgen en eventuele kinderen geen aanspraak zouden maken op de troon. Frans Jozef was niet bij het huwelijk aanwezig.
Frans Ferdinand en Sophie kregen samen drie kinderen:
- Sophie
- Maximiliaan
- Ernst
