Maria Theresa werd beschouwd als een schoonheid, maar ze was ook melancholisch. Ze leed onder de woede en jaloezie van haar man. Toch zorgde ze liefdevol voor haar stiefkinderen. Ze had tot het einde van zijn leven een hechte band met de verder gereserveerde aartshertog Franz Ferdinand, aangezien zijn geliefde stiefmoeder in de jaren 1890 zelfs intensief campagne voerde om keizer Franz Joseph te laten trouwen met Sophie Chotek von Chotkowa. Maria Theresa kreeg zelf twee dochters met Karl Ludwig. Via haar dochter Elisabeth Amalie werd ze later de grootmoeder van prins Franz Josef II van Liechtenstein.
Maria Theresa was het enige lid van de familie dat haar tweede stiefzoon, aartshertog Otto, bezocht toen hij al zwaar getroffen was door syfilis. Ze zat vaak uren aan zijn bed terwijl hij wegkwijnde in een villa in een Weens huisje. Hij overleed in het jaar 1906. Net als bij Franz Ferdinand kwam Maria Theresia ook tussenbeide voor haar derde stiefzoon, Ferdinand Karl, toen deze in 1909 een morganatisch huwelijk had. met Berta Czuber. Hun inspanningen waren echter tevergeefs, Ferdinand Karl moest ontslag nemen uit het Huis van Habsburg. Desalniettemin bleef Maria Theresa hem bijstaan en was ze ook betrokken bij het huwelijk van haar stiefkleinzoon, die later keizer Karl werd, met haar nichtje prinses Zita van Bourbon-Parma dat in 1911 werd gesloten.
