Een anonieme Oostenrijkse arts, die in Mexico-Stad woonde, werd van tevoren gebeld om de nodige producten te brengen voor een op handen zijnde balseming. Al na de executie van Maximiliaan kreeg hij de opdracht een laken over zijn lichaam in de kist te leggen, die later werd meegenomen door een groep soldaten die hem naar het kapucijnenklooster brachten.
Baron Anton von Magnus vroeg Escobedo om het lichaam, een verzoek dat hij afwees, maar toch Basch toestond het klooster binnen te gaan om afscheid te nemen van zijn lichaam en vier artsen opdracht te geven de balseming uit te voeren. Het proces verliep niet zoals Basch had gepland: het werd te snel en onzorgvuldig uitgevoerd, naast het feit dat het haar van zijn baard destijds voor tachtig dollar werd verkocht en een kledingstuk van Maximiliaan zelf aan de hoogste bieder.
Al snel bereikte het nieuws van de dood van Maximiliaan de Amerikaanse regering en van daaruit werd het doorverwezen naar Europa, telegrammen die op 1 juli 1867 arriveerden. Francisco José I vroeg de Mexicaanse autoriteiten om het lichaam van Maximiliaan om hem in Oostenrijk te begraven; Ook verzochten Von Magnus en Basch Juárez rechtstreeks om het lichaam aan hen af te leveren, wat hij weigerde, dus liet hij de kist achter in de residentie van de prefect van Querétaro. De situatie veranderde niet tot de komst van een vice-admiraal gestuurd door Francisco José, Wilhelm von Tegetthoff, en kon Juárez al snel aanmoedigen om zijn beslissing te heroverwegen. Op 4 november 1867 werd het verzoek van Oostenrijk officieel geaccepteerd door de minister van Buitenlandse Zaken van Juárez, Sebastián Lerdo de Tejada.
Vanwege de grofheid van het balsemen van het lichaam, was het noodzakelijk om het lichaam representatief te maken voor zijn toekomstige overdracht: het was gekleed in een zwarte jas met heldere reflecties, zijn echte ogen werden vervangen door die van een zwarte maagd uit de kathedraal van Querétaro, het was zijn gezicht opgemaakt en versierde zichzelf met een valse baard bij afwezigheid van zijn echte haar. Toen het eenmaal klaar was, werd het verplaatst van Querétaro naar de kapel van San Andrés in Mexico-Stad. Daar aangekomen werd zijn lichaam ter conservering ondergedompeld in een bad met arseen. De Mexicaanse regering voegde als geschenk een rijkelijk versierde kist toe aan de kist.
Zijn verblijf in de hoofdstad van het land duurde niet langer dan twee weken en na het afronden van wat papierwerk werd zijn repatriëring naar Europa bevolen. Op 26 november 1867 arriveerden hij in de haven van Veracruz, dezelfde datum waarop hij de SMS Novara verliet, hetzelfde schip waarmee Maximiliaan en Charlotte in Mexico waren aangekomen.
Het duurde bijna drie maanden voordat de Novara de Europese kust bereikte. Op 16 januari 1868 meerde hij aan in Triëst: de twee jongere broers van Maximiliaan, de aartshertogen Karl Ludwig en Ludwig Victor, ontvingen persoonlijk het stoffelijk overschot van hun broer, dat ze naar Wenen begeleidden. Francisco José I had opdracht gegeven om de kist permanent te verzegelen in Triëst, zodat aartshertogin Sophie de stoffelijke resten van haar zoon niet kon zien, een actie die op tijd werd uitgevoerd en die haar missie vervulde. Twee dagen later, op 18 januari , arriveerde hij in de Oostenrijkse hoofdstad, waar een begrafenisceremonie plaatsvond, waarin alle met Oostenrijk gelieerde landen hun vertegenwoordigers stuurden, met de opmerkelijke uitzondering van de Verenigde Staten, aangezien het een belangenconflict was.
Het stoffelijk overschot van Maximiliaan van Habsburg werd op 18 januari 1868 bijgezet in de Oostenrijkse koninklijke crypte, de Kapucijnercruft in Wenen.
