Het koninkrijk der Beide Siciliën werd onderdeel van het nieuwe koninkrijk Italië. Het koninklijk paar bracht de rest van hun leven door in Oostenrijk, Frankrijk en Beieren.
Frans stierf op 27 december 1894 in Arco (Zuid-Tirol). Zijn halfbroer Alfons volgde hem op als titulair vorst van Beide Siciliën.