In het jaar 1890 werd Helene ernstig ziek. Albert had uit voorzorg keizerin Elisabeth ingelicht, die direct naar Regensburg kwam. Zoals ze hun hele leven hadden gedaan, praatten Elisabeth en Helene nu ook in het Engels. Zoals dochter Marie-Valerie ook in haar dagboek schreef over het laatste bezoek van Elisabeth bij Helene: “Tante Néné, die helemaal niet in sterven geloofde, was blij mama te zien en zei tegen haar:
“Old Sisi!”
“We two have had hard puffs in our lives“, zei mama.
“Yes, but we had hearts”, antwoordde tante Néné.
Als mama vroeg of iets pijn deed, dan antwoordde ze:
“No, nothing”
Ze ijlde vaak, sprak vaak over haar man, over haar gestorven kinderen Bubi (Maximilian) en Elisabeth, en werd de laatste namiddag niet meer helder.
De artsen konden niets meer doen. Helene overleed op 16 mei 1890 om zeven uur ’s avonds op 56-jarige leeftijd. Helene werd bijgezet in het familiegraf van de familie Thurn und Taxis. Bijna al haar familieleden waren bij de begrafenis, behalve keizer Franz Joseph. De keizer van Oostenrijk was niet aanwezig om de vrouw, de ooit voor hem geplande bruid, de laatste eer te bewijzen.