In het jaar 1890 werd Helene ernstig ziek, haar jongste zoon had haar zusje Elisabeth laten komen.
Helene was zo ziek dat de artsen niks meer voor haar konden doen.
Op 16 mei 1890 stierf de 56 jarige Helene om zeven uur ’s avonds.
Helene werd bij gezet in het familiegraf van de familie Thurn und Taxis. Bijna al haar familieleden waren bij de begrafenis, behalve keizer Franz Joseph.