Deze crypte is het oudste gedeelte van de keizerlijke crypte, dit gedeelte werd samen met de kerk, in het jaar 1632, voltooid en ligt onder e keizerlijke kapel boven in de kerk.
In deze crypte staan twee sarcofagen van de grondleggers van de dynastie van Habsburg in Oostenrijk.
– Keizer Matthias, hij was keizer van het Heilige Roomse Rijk, koning van Bohemen en Hongarije (24 februari 1557 – 20 maart 1619)
– Keizerin Anna van Tirol, zij was Keizerin van het Heilige Roomse Rijk, en echtgenote van keizer Matthias (4 oktober 1585-14 december 1618)