Rudolf werd, net als zijn zussen Sophie en Gisela, door zijn grootmoeder, aartshertogin Sophie, opgevoed. Rudolf was een intelligente en gevoelige jongen, ook was hij vaak ziek.
Op zijn derde kreeg Rudolf al zijn eerste uniform van zijn vader, keizer Franz Joseph, en moest met z’n vader mee om hem bij te staan op inspecties die vele uren in beslag namen.
Er werden vele docenten aangesteld om de jonge kroonprins zo veel mogelijk te leren.
Op zijn zesde verjaardag werd hij van zijn geliefde zus, Gisela, gescheiden en benoemde keizer Franz Joseph graaf Gondrecourt tot zijn opvoeder, hij had de opdracht om van de jonge kroonprins een goede soldaat te maken. Om dit doel te kunnen bereiken moest Rudolf op bijna gruwelijke wijze tuchtigingen ondergaan. Het resultaat hiervan was dat Rudolf er op latere leeftijd problemen mee kreeg. Niets of niemand kon de keizer ervan overtuigen medelijden met zijn zoon te hebben. Waterkuren en hem te laten schrikken zouden hem al snel een sukkel maken, zo niet zou dit zijn leven hebben gekost.
Elisabeth was de eerste acht jaar van zijn leven vaak niet aanwezig, ze reisde veel en schreef vanuit verre landen brieven aan Rudolf.
Op z’n zevende werd Rudolf nog harder aangepakt. Een van de trainingen bestond uit urenlang exerceren. Dus was het niet raar dat Rudolf in een angstig verkrampt en bleek kind dat nog in bed plaste veranderen. Toen Elisabeth terug in Wenen was en hier achter kwam, greep ze meteen in. Ze stelde de keizer een ultimatum: Of hij liet de opvoeding van de kinderen aan haar over, in alle opzichten, of zij zou hem verlaten. en dit hielp. Graaf Condrcourt werd ontslagen en de opvoeding van Rudolf kwam in handen van de door Elisabeth benoemde docenten.
Rudolf was zijn moeder zijn hele leven dankbaar voor het ingrijpen. Maar hij had, net als, zijn zus Gisela, bijna geen toegang tot z’n moeder. Hij ontwikkelde een schuwe eerbied en een ridderlijke bewondering voor zijn moeder. Hij kon geen persoonlijke dingen met zijn moeder bespreken, want het leek haar allemaal niet te interesseren.
Daarom trof het haar ook zijn latere zelfmoord als een donderslag bij heldere hemel. Ze had nooit zulke zwaarwegende problemen in zijn ziel vermoed.